NGS技术创新与临床应用之辩 | TBM医研企合作线上座谈会(第六期)圆满举办

发布时间:2022-5-12 17:01:12更新时间:2022-5-12 17:01:12

国家“十四五”规划明确提出“强化企业创新主体地位,促进各类创新要素向企业集聚”。服务企业创新发展也已写入中国科协《学会学术工作要点》。中国抗癌协会肿瘤标志专委会积极践行“促进产学研深度融合”理念,推进基础研究、技术开发、临床验证、产业发展全链条的合作与整合,与领域内优势企业共建、共享科技创新生态圈。


鉴于近期疫情“外防输入、内防反弹”的压力持续增大,2021年中国肿瘤标志物学术大会暨第十五届肿瘤标志物青年科学家论坛(CCTB)推迟至12月初举办,但相识、交流、合作不能因疫情而阻隔。为此,中国抗癌协会肿瘤标志专委会积极筹备“TBM线上医研企合作座谈会”系列免费公益活动,旨在发挥学会的技术资源、科研资源及医疗资源优势,邀请领域的学术和临床知名专家及领域上、中、下游创新企业合作伙伴,搭建线上小型化、深度沟通、问题导向的医研企合作沟通平台。2021年9月29日晚,第六期“TBM医研企合作线上座谈会”圆满举办。


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本期线上活动邀请到中国抗癌协会肿瘤标志专委会主任委员空军军医大学邢金良教授、中国抗癌协会肿瘤标志专委会常委兼副秘书长暨南大学附属第一医院陆元志教授、中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授、空军军医大学西京医院王哲教授、北京泛生子生物科技有限公司胡云富博士、深圳思勤医疗科技有限公司CEO茅矛博士、桐树生物科技有限公司全雪萍博士、杭州杰毅生物科技有限公司CEO王珺博士、深圳华大基因股份有限公司肿瘤研发部许晶博士、广州燃石医学检验所有限公司张之宏博士,共同就“NGS技术创新与临床应用”这一主题展开激烈的探讨。


《 专家介绍 》

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会议由陆元志教授主持,首先邢金良教授致辞对各位专家出席第六场TBM医研企合作线上座谈会表示感谢,专委会为更高效、更好的服务于肿瘤标志物领域医研企专家,将组织各种活动搭建沟通交流的平台,进行观点、想法、需求各方面的碰撞。本次座谈会精心准备了九个方面的问题,各位专家围绕各问题提出自己的看法并进行了充分的交流讨论。 


第一个问题:NGS和数字PCR,在ctDNA检测中选择哪一种?空军军医大学西京医院哲教授指出:临床工作中经常遇到MRD检测,到底用NGS还是数字PCR一直比较困惑,ctDNA含量特别低,必须要用深度测序。有的肿瘤没有特征性的突变,而是一个谱。但对肿瘤特征性的位点变异可以用数字PCR设计检测。胡云富博士针对这一问题提出:比较复杂的肿瘤MRD检测目前更倾向于NGS技术,便于跟踪多种变异的克隆。另外还需要综合考虑成本、可及性、复杂度等进行选择。茅矛博士指出:NGS是大而全,数字PCR是小而美。根据检测目的不一样,应用场景不一样进行选择。一开始用NGS做discovery,当在病人发现特异性的突变,可以用数字PCR做进一步跟踪。


第二个问题:NGS报告人工审核时需注意哪些方面?中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授介绍了自己团队常年积累的经验。肿瘤多基因NGS结果人工审核要点包括:①数据质控(Q30、覆盖均一性等)。②重复区、同源区的假阳/假阴。③罕见胚系/体系识别是否需验证。④样本质量问题出现的假阳筛选。⑤实验室污染可能导致的假阳性。⑥变异分类的update。⑦预后/诊断相关的需要人工查看文献。⑧reads阈值边缘的假阳/假阴(包括突变、CNV、重排等)。遗传全外NGS结果人工审核要点包括:①对注释及过滤后的数据分析,根据患者表型,寻找与患者疾病相关联和基因变异。②对候选基因变异进行ACMG评级。③对患者表型进行确认,与临床医生或患者联系,并进行家系资料收集。④对基因变异的准确性进行确认。


第三个问题:临床样本NGS 数据质控方面需做哪些工作?桐树生物科技有限公司全雪萍博士全强调主要注意:①样本本身的质控。②建库方面的质控。③测序方面的质控。分析了可能影像临床样本NGS数据质量的各种干扰因素和对应的质控指标,指出目前行业内尚缺乏系统的标准化质控体系。


第四个问题:使用自动化建库NGS实验室是否可以减少1/3空间?杭州杰毅生物科技有限公司CEO王珺博士指出对感染病例进行NGS检测对时效性的要求特别高,越快越好,杰毅开发了一站式自动化检测平台,仅需2-3个实验分区。


第五个问题:NGS在肿瘤中的应用,大Panel还是小panel?广州燃石医学检验所有限公司张之宏博士张指出:目前药监局批准的都主要是小panel,但随着泛瘤种及需要看到更大层面基因组改变的临床刚性需求,像TBM、HRD等导致了大panel的流行。除了应用场景的选择,还有综合时间、成本的考量进行选择,不能一概而论。


第六个问题:NGS检测除了肿瘤和NIPT之外,还有哪些有价值的临床应用场景?深圳思勤医疗科技有限公司CEO茅矛博士指出了三大应用场景:遗传、感染、肿瘤,早期肿瘤临床应用场景集中在用药指导,目前比较热门的场景是实体瘤的MRD检测,后期可能在疗效监测方面有更大需求。目前最大的发展空间在早筛领域。另外还有个人基因组目前做的较少,5-10年后可能会有大的发展。


第七个问题:创新NGS检测技术发展方向,更灵敏还是更便宜,孰更重要?深圳华大基因股份有限公司肿瘤研发部许晶博士提出:随着测序成本的下降和新算法与自动化系统的不断完善,NGS产品发展的趋势必将是普惠与精准并行。临床应用场景不同,对产品的要求也不尽相同。普惠的产品更适用于早筛、肿瘤防控和特定癌种的诊断领域,而对肿瘤分子残留病灶(MRD),高精准的检测更为重要。比如同样是基于ctDNA的测序产品,临床上常见的普通诊断型固定panel的检测限通常在千分级,多为0.3-0.5%,而MRD检测产品的检测限需要达到万分级,可达0.01%,检测限差距30-50倍。其中,基于tumor-informed(组织先验策略)的个性化检测技术更为精准,更适于术后MRD检测,长期复发监测和疗效监测。


第八个问题:什么样的NGS 检测产品可以达到10 亿单品销售额?北京泛生子生物科技有限公司胡云富博士指出:胡云富博士指出首当其冲是早筛产品,市场非常广泛,对人群基数、发病率、成本等都需要balance,目前条件下不太容易实现年龄跨度非常大的泛癌肿早筛,但可能在某些特定肿瘤如肝癌、肠癌高危及风险人群中实现突破。另外MRD产品可以长期监测。


第九个问题:NGS报告签发需要什么样的资质?中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授感觉NGS报告签发资质是NGS应用最关键的地方,不能单独由病理医生签发,可以由一个多学科团队共同签发。落实到个人需要什么资质,仅有执业医师是不够的,还需涉及分子生物学、遗传、病理等多学科知识。需要经过特别的培训,目前国内尚没有系统正规的培训。国外从事分子病理诊断有两种资质可以借鉴,一种是molecular genetic pathology,是病理专业医生经过培训取得的可以签发分子病理报告。另外一种非临床专业可以考clinic molecular genetics,也可以签发报告。


最后陆元志教授进行总结,在NGS领域人才培养、行业标准等方面有大量可以做、需要做的工作,希望在学会的平台医研企更紧密的结合,也是提高国内NGS领域整体水平的关键。


两个小时的时间在与会各位医研企专家分享和讨论中很快就过去了,大家都感觉非常有成效,意犹未尽,专委会将继续组织系列医研企合作线上座谈会,不打广告、不吹成绩,以问题为导向,邀请肿瘤标志物相关领域临床、科研及企业专家一起剖析问题,碰撞解法,并推动更深入的合作。


系列座谈会活动由肿瘤标志专委会办公室梁婷和杨琼瑶组织,欢迎更多企业和我们联系,选择参加活动的主题!期待后继场次更多精彩讨论!(办公室电话029-83655503)


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